本線

定期運用

片側3扉・4扉の電車が一部を除いて15両または10両で運用される。車体にはウグイス色（■）の帯が巻かれている。
佐島寄りから1号車、2号車…の順に号車番号が付けられている。一部の編成の4号車・5号車は2階建てグリーン車（自由席）、それ以外は普通車となっている。
快速電車は三浦線直通が通常10両編成で運行、佐島線のみは6両編成で運行。　各駅停車三浦線直通が通常10両編成で運行、佐島線のみは6両編成で運行。


113系（ロングシート改造車）以降、ラッシュ時の混雑対策のためにロングシート車の割合が増えたが、E217系・E231系・E233系・209系・205系では編成の一部車両をセミクロスシート車両としている。15両編成の場合普通車13両中6両、10両編成の場合普通車8両中4両、E217系では同3両がセミクロスシートとなっている。また、211系では基本編成のうち約半数の編成で普通車8両すべてがセミクロスシート車両となっている。

また、この路線で走行しているすべての車両ではバリアフリー対応の洋式トイレが設置されている。

• M233系0番台 (6M4T)
• M233系3000番台 (8M7T)　　基本編成 6M4T 　付属編成 3M2T
• M231系 (8M7T)　　基本編成 6M4T 　付属編成 3M2T　など
• M209系 (6M4T) 　 基本編成 4M2T 　付属編成 2M2T　など
• M205系 (9M6T) 　 基本編成 3M2T 　基本編成 3M2T　　付属編成 3M2T　など
• M211系 (8M7T)　　基本編成 6M4T 　付属編成 3M2T
• M313系 (6M4T) 　 基本編成 4M2T 　付属編成 2M2T　など
• M223系 (6M4T) 　 基本編成 4M2T 　付属編成 2M2T　など
• M257系（6M3T）　 基本編成 6M3T　　付属編成 2M2T
  

  ※「nMmT」とは、1編成の車両がn両の電動車（モーターあり）とm両の付随車（モーターなし）で構成されることを意味する。

全8駅の路線。営業距離13.743km、森戸海水浴場〜横須賀を結ぶ路線。帯色は、ウグイス色（■）を使用。

旅客営業を行う全区間が旅客営業規則の定める大都市近郊区間の「東京近郊区間」、およびIC乗車カード「MAHORA」の首都圏エリアに含まれている。

• 停車駅
  • 各駅停車…森戸海水浴場駅〜横須賀駅のみで運行。一部三浦線直通。
  • 快速…●印の駅は全列車停車、｜印の駅は全列車通過
  • 特急
    • 特急春日（森戸海水浴場駅〜宇都宮駅）…三浦線直通。
  • 接続路線 …森戸海水浴場駅より三浦線に直通運転。

2011年4月9日現在、各駅停車・快速・特急が運転されている。森戸線は森戸海水浴場駅より三浦線との直通運転を行っている。列車番号の末尾につく英字は森戸線のみの車両が"M"で、直通電車が"H"である。

森戸線の輸送量は、全体的な傾向においてほとんどが麻帆良学園に向かう生徒か三浦や横須賀に観光に来た観光客しかいない。

この路線は、麻帆良学園都市鉄道の24時間ダイアに含まれており、第1・3土曜日・第2・4日曜日・月曜日以外の日は、すべて24時間ダイアで運行している。なお例外で運休日に運行する時もある。

運行本数は、平日は朝が5 - 10分間隔、昼間が20分間隔、夕方が7 - 12分間隔、深夜が20 - 40分間隔、土曜・休日は朝が7 - 12分間隔、昼間が15−20分間隔、夕方が10 - 13分間隔、深夜が30 - 45分間隔であり、昼間は平日と土曜・休日の本数がほぼ同じになっている。。


各駅停車

各駅停車は4本に1本が森戸海水浴場駅で折り返し、その他が三浦線直通で一部を除き、すべて宇都宮行きである。

森戸線各駅停車は2010年の国土交通省調査によるピーク時最混雑区間の1時間平均混雑率は葉山→森戸海水浴場間で150%となっている。

車両は、朝・夕方の時間帯で10両編成を使用。昼間は6両編成・10両編成を使用。深夜は5両編成・4両編成を使用する。


快速

快速は2本に1本が森戸海水浴場駅で折り返し、その他が三浦線直通で一部を除き、すべて宇都宮行きである。

森戸線快速は2010年の国土交通省調査によるピーク時最混雑区間の1時間平均混雑率は湯の沢→森戸海水浴場間で180%となっている。ただし編成内で大きく偏っているため、各駅では構内に最混雑号車を掲示し、分散乗車を促している。

快速電車の停車駅は、宇都宮（三浦線内は三浦線参照）−森戸海水浴場−湯の沢−衣笠−横須賀中央−横須賀。

快速電車は、朝・夕方の運行時、衣笠で各駅停車に連絡する。日中は一部を除き、待ち合わせをしないダイアを組まれている。

車両は、朝・夕方の時間帯で10両編成・15両編成を使用。昼間は6両編成・10両編成を使用。深夜は5両編成・4両編成を使用する。　森戸線の快速停車駅は15両編成まで対応しているが、各駅停車のみ停車する駅は10両編成までしかホームが対応していない。


特急

特急はすべての電車が三浦線にと直通運転をしている。

特急電車の停車駅は、宇都宮−常盤台−麻帆良学園都市中央−武蔵小杉−横浜−森戸海水浴場−横須賀。

基本編成は9両編成＋付属4両編成の13両で運行する。　
1・2・3・4・5・6・12・13号車が自由席。7・9・10・11号車が指定席。8号車がグリーン車。
横須賀駅発朝6時〜8時・宇都宮駅発夕方16時〜20時の森戸線特急電車には、麻帆良学園都市内の学校にに通う学生専用の車両が存在する。3・4・5・6号車は通常自由席になっているが、指定された時間のみ、学生専用車両になる。なお3・4号車は学生指定席となり、事前に予約する必要がある。また学生は通学定期券を購入する際に、定期券料金6か月＋3000円で特急料金が無料になる。（定期券に特急特別料金を加えなかった場合、特急に乗る場合通常料金の7割（学割適応）の金額がかかる。）

森戸線（もりとせん）はMTRで三番目にできた路線である。神奈川県三浦郡葉山町堀内の森戸海水浴場駅と神奈川県横須賀市東逸見町一丁目1 ?の横須賀駅を結ぶ麻帆良学園都市鉄道（MTR）の鉄道路線（短距離旅客電車）である。

• 管轄（事業種別）：麻帆良学園都市鉄道（第一種鉄道事業者）
• 区間（営業キロ）：森戸海水浴場駅 - 横須賀駅 13.743km
• 軌間：1067mm
• 駅数：8
• 複線区間：全線
• 電化区間：全線（直流1500V）
• 閉塞方式：（複線）自動閉塞式
• 保安装置：ATS-P
• 最高速度
  • 森戸海水浴場駅 - 横須賀駅間　160km/h
• 運転指令所：
  • 森戸海水浴場駅 - 横須賀駅間　麻帆良学園都市総合指令室（森戸海水浴場駅 - 横須賀駅間ATOS）

森戸海水浴場駅 - 横須賀駅間は神奈川支社横浜支部の管轄である。